Το ΙΤΕ διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.), το οποίο αποτελείται από τον Διευθυντή της Κεντρικής Διεύθυνσης (Πρόεδρο), τους Διευθυντές των Ινστιτούτων, εκπρόσωπο της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας, εκπρόσωπο των Ερευνητών και εκπρόσωπο των εργαζομένων. To Δ.Σ. είναι το ανώτατο όργανο διοίκησης του ΙΤΕ.

Πρόεδρος
	Βασίλης Χαρμανδάρης Πρόεδρος ΔΣ ΙΤΕ, Διευθυντής ΚΔ ΙΤΕ Καθηγητής, Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 394216 charmandaris@admin.forth.gr +30 2810 394301
Μέλη
	Δημήτρης Πλεξουσάκης Αντιπρόεδρος ΔΣ ΙΤΕ, Διευθυντής Ινστιτούτου Πληροφορικής Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391637 dp@ics.forth.gr +30 2810 391602
	Βασίλης Ντζιαχρήστος Διευθυντής Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ Καθηγητής, Τεχνικό Πανεπιστήμιο του Μονάχου +30 2810 391304 v.ntziachristos@iesl.forth.gr
	Γιάννης Βόντας Διευθυντής Ινστιτούτου Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών +30 2810 391136 vontas@imbb.forth.gr +30 2810 391110
	Χαράλαμπος Μακριδάκης Διευθυντής Ινστιτούτου Υπολογιστικών Μαθηματικών Καθηγητής, Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391800 c.g.makridakis@iacm.forth.gr +30 2810 391801
	Τζελίνα Χαρλαύτη Διευθύντρια Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών Καθηγήτρια, Τμήμα Ιστορίας Αρχαιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2831106010 gelina@ims.forth.gr
	Θεόφιλος Ιωαννίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Επιστημών Χημικής Μηχανικής +30 2610 965264 theo@iceht.forth.gr +30 2610 990987
	Ιωάννης Γεντεκάκης Διευθυντής Ινστιτούτου Γεωενέργειας Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών και Μηχανικών Περιβάλλοντος, Πολυτεχνείο Κρήτης +30 2821037752 i.yentekakis@ipr.forth.gr
	Σάββας Χριστοφορίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Βιοΐατρικών Ερευνών Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων +30 2811392166 savvas_christoforidis@bri.forth.gr
	Παναγιώτης Δελούκας Διευθυντής Ελληνικού Ινστιτούτου Γονιδιωματικής του Ανθρώπου Καθηγητής Καρδιοαγγειακής Γενομικής, Πανεπιστήμιο Queen Mary University London, Ηνωμένο Βασίλειο p.deloukas@qmul.ac.uk
	Βασιλική Παυλίδου Αναπληρώτρια Διευθύντρια Ινστιτούτου Αστροφυσικής Ερευνήτρια στο Ινστιτούτο Αστροφυσικής Συνεργαζόμενο Μέλος ΔΕΠ, Καθηγήτρια στο Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 394211 pavlidou@ia.forth.gr
	Mαρία Κλάπα Εκπρόσωπος Ερευνητών ΙΤΕ Κύρια Ερευνήτρια, Ινστιτούτο Επιστημών Χημικής Μηχανικής +30 2610 965249 mklapa@iceht.forth.gr
	Κώστας Χατζηγιαννάκης Εκπρόσωπος Εργαζομένων ΙΤΕ Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής & Λέιζερ +30 2810 391120kostas@iesl.forth.gr
	Στο Διοικητικό Συμβούλιο του ΙΤΕ παρίσταται ως εκπρόσωπος της ΓΓΕΚ η κα Ελένη Μαράκη.