Το ΙΤΕ διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.), το οποίο αποτελείται από τον Διευθυντή της Κεντρικής Διεύθυνσης (Πρόεδρο), τους Διευθυντές των Ινστιτούτων, εκπρόσωπο της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας, εκπρόσωπο των Ερευνητών και εκπρόσωπο των εργαζομένων. To Δ.Σ. είναι το ανώτατο όργανο διοίκησης του ΙΤΕ.

Πρόεδρος
	Βασίλης Χαρμανδάρης Πρόεδρος ΔΣ ΙΤΕ, Διευθυντής ΚΔ ΙΤΕ Καθηγητής, Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391200 charmandaris@admin.forth.gr
Μέλη
	Εμμανουήλ Στρατάκης Αναπληρωτής Διευθυντής Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ Διευθυντής Ερευνών ΙΗΔΛ +30 2810 391274 stratak@iesl.forth.gr
	Ηλέκτρα Γκιζελή Αναπληρώτρια Διευθύντρια Ινστιτούτου Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας Καθηγήτρια, Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 394373 gizeli@imbb.forth.gr
	Παναγιώτης Τσακαλίδης Αναπληρωτής Διευθυντής Ινστιτούτου Πληροφορικής Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391730 tsakalid@ics.forth.gr
	Γιώργος Μακράκης Αναπληρωτής Διευθυντής Ινστιτούτου Υπολογιστικών Μαθηματικών Καθηγητής, Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391777 makrakg@iacm.forth.gr
	Μαρίνος Σαρηγιάννης Αναπληρωτής Διευθυντής Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών Διευθυντής Ερευνών ΙΜΣ +30 2831106009 sariyannis@ims.forth.gr
	Θεόφιλος Ιωαννίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Επιστημών Χημικής Μηχανικής Διευθυντής Ερευνών ΙΕΧΜΗ +30 2610965264 theo@iceht.forth.gr
	Βασιλική Παυλίδου Αναπληρώτρια Διευθύντρια Ινστιτούτου Αστροφυσικής Ερευνήτρια ΙΑ Συνεργαζόμενο Μέλος ΔΕΠ, Καθηγήτρια στο Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810394211 pavlidou@ia.forth.gr
	Ιωάννης Γεντεκάκης Διευθυντής Ινστιτούτου Γεωενέργειας Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών και Μηχανικών Περιβάλλοντος, Πολυτεχνείο Κρήτης +30 2821037752 i.yentekakis@ipr.forth.gr
	Σάββας Χριστοφορίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Βιοΐατρικών Ερευνών Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων +30 2651007808 savvas_christoforidis@bri.forth.gr
	Παναγιώτης Δελούκας Διευθυντής Ελληνικού Ινστιτούτου Γονιδιωματικής του Ανθρώπου Καθηγητής Καρδιοαγγειακής Γενομικής, Πανεπιστήμιο Queen Mary University London, Ηνωμένο Βασίλειο pdeloukas@gihg.forth.gr
	Ελένη Μαράκη Εκπρόσωπος της Γενικής Γραμματείας Έρευνας & Καινοτομίας Αντιπεριφερειάρχης Παιδείας & Δια Βίου Μάθησης, Περιφέρεια Κρήτης